2013中国摩托艇联赛，共设置六个比赛项目，包括中国方程式摩托艇竞速赛、中国方程式摩托艇PK赛、坐式水上摩托竞速赛、立式水上摩托竞速赛、坐式水上摩托PK赛和水上摩托团体接力赛。不同的竞赛项目，其竞赛规则也是有所差异的。
    方程式摩托艇竞速赛采用1轮排位赛、1轮预赛、1轮决赛。排位赛时间为15分钟，以单圈最快速度排定预赛位置，预赛名次决定决赛出发位置。预赛和决赛均采用集体出发的形式，比赛时间为20分钟+1圈，以第1名艇为准白旗挥动后加1圈，最后以各艇结束比赛时完成的圈数和比赛时间计算成绩并以此进行排名。
    水上摩托竞速赛采用左右舷多标不规则环形闭合场地，分为排位赛、预赛和决赛。排位赛时间为10分钟，取最快单圈时间排位。决赛中根据预赛排名决定位次，集体出发，比赛为15分钟+1圈，以各艇结束比赛时完成的圈数和比赛时间计算比赛成绩和名次。绕标是这个项目的重要规则之一，起航时前8条艇从限制标左侧通过，后面的赛艇从限制标的右侧通过。比赛中漏标严禁重绕，必须绕惩罚标，重绕者或故意漏标者视情节将被取消比赛资格。
    坐式水上摩托PK赛以排位赛成绩决定，采用蛇形排列法编排进行淘汰赛，淘汰赛采用3局2胜制，轮空者自动进入下一轮。与水上摩托竞速赛不同的是，PK赛中漏标可重绕，未重绕取消该轮比赛成绩。
    水上摩托团体接力赛的出航排位方式是以坐式、立式排位赛中四人最好成绩之和确定出航位置，如相同则取各队中立式水上摩托最好成绩排列。团体赛采用集体对抗接力的方式进行，各队需预先确定本队第1、2、3、4棒选手的姓名和艇号，其中1、2棒必须为坐式艇，3、4棒为立式艇。